Administrasjonen er organisert i fire avdelinger og tre staber.

Enhetene
Enhetene utgjør kjernevirksomheten i kommunen. En enhet kan bestå av flere tjenestesteder. Enhetslederne har vide fullmakter og et selvstendig økonomiansvar, herunder følger ansvar for drift av tjenestene, ansvar for kvalitet på tjenestene samt et arbeidsgiveransvar i forhold til medarbeiderne. Enhetslederne rapporterer til avdelingsdirektørene innenfor sitt virkeområde. 

Virksomheter med kommunalt eierskap
I tilfeller hvor virksomheten for eksempel må konkurrere med private bedrifter, kan det lønne seg for kommunen å danne et kommunalt foretak eller sitt eget aksjeselskap, og dermed sikre virksomheten likeverdige konkurranseforhold med konkurrentene. Tromsø parkering AS er en egen juridisk enhet og Tromsø Havn KF er kommunens kommunale foretak. Kommunen eier Remiks AS 100 % og har mer enn 40 % eierskap i TromsKraft.

Virksomheter og foretak